KH. Muhammad Kholil dilahirkan pada 11 Jamadilakhir 1235 Hijrahatau 27 Januari 1820 Masihi di Kampung Senenan, Desa Kemayoran, Kecamatan Bangkalan, Kabupaten Bangkalan, Pulau Madura, Jawa Timur. Beliau berasal dari keluarga Ulama dan digembleng langasung oleh ayah Beliau menginjak dewasa beliau ta'lim diberbagai pondok pesantren.
Muhammad Iskandar yang merupakan seorang guru dan pengasuh di Pondok Pesantren Mamba’ul Ma’arif di Denanyar, Jombang, Jawa Timur yang didirikan oleh Kiai Bisri Syansuri (kakek Gus Dur). Dengan begitu, penggantian nama Cak Imin ke Gus AMI lalu menjadi Gus Muaimin tersebut bisa jadi sebagai upaya penegasan atas status kekerabatan yang
Di pondok Kedunglo disamping sebagai pengasuh, beliau adalah guru tunggal. Jadi beliau tidak mempunyai guru pembantu yang mengajar santri-santrinya. Karena santri-santrinya beliau tangani sendiri, tak heran kalau sepulang mondok di Kedunglo santri-santri beliau menjadi orang-orang alim dan ampuh.
Hadratussyekh Hasyim Asy’ari: Perpecahan, Akar Runtuhnya Negara. Jawa Timur bagian selatan ada Pesantren Misbahul Wathan Malang (sekarang jadi MI, MTs, MA Ma'arif NU Singosari) dan Pesantren Asy-Syadzili Pakis Malang. "Khusus di Jombang ada Pesantren Denanyar Jombang, Pesantren Seblak Jombang, Pesantren Walisongo Cukir Jombang, Pesantren Pasuruan (beritajatim.com) – Ketua DPD RI, AA LaNyalla Mahmud Mattalitti didoakan kiai agar sukses mengembalikan naskah asli UUD 1945 saat berkunjung ke beberapa pesantren di Pasuruan. Ada dua pesantren yang dikunjungi LaNyalla, yaitu Pondok Pesantren Miftahul Falah Al-Hasani dan Pondok Pesantren Sidogiri. Pengasuh Pondok Pesantren Miftahul bA1s8T.